Aportan un conjunto simbólico que se explica en el marco de su intención original. A primera vista es llamativo su colorido diverso que engloba diferentes formas vegetales, calaveras, ornamentos. Los recuerdos del más allá se arropan con símbolos de poder. Las banderas, como otros elementos de esta fiesta, son únicas en todo el entorno. Las llevan los abanderados de las dos capitanías y son volteadas siguiendo el protocolo que define Pilar Corrales en su libro.
Para conocer el significado de las banderas disponemos del estudio de ellas que viene haciendo José Manuel Velasco Díaz-Alejo y que es el que seguiremos en la siguiente exposición.
Bandera de la Capitana Mayor
Bandera de la Capitana Menor
Los símbolos de estas banderas serían:
Haciendo un recorrido desde fuera hacia adentro, encontramos una primera definición, el lugar: el priorato de San Juan con las ocho cruces de Malta o de san Juan.
Avanzamos hacia el centro y no encontramos con la Muerte coronada en clara alusión a las ánimas elegidas para ir al Cielo. La calavera y las tibias cruzadas sobre fondo negro, son la referencia a la muerte igualadora. Sobre cada una de ellas, una corona blanca sobre fondo rojo recordando el premio a una vida piadosa. Termina este entorno una representación vegetal que puede ser el árbol de la vida. La vida eterna es la vida en el Cielo de los justos.
Ya en el centro nos encontramos la identificación del Santo Sacramento, en una custodia con doce puntas y una cruz.
Avanzando hacia el centro hemos recorrido el Tránsito de las almas del mundo terrenal al mundo celestial. El 4 es el número que identifica el mundo terrenal, como los cuatro lados de la bandera; el 8 es el símbolo del Tránsito al cielo, el cuadrado se va trasformando en un círculo, ocho cruces; el círculo o mundo celestial está en el centro, ocupado por el Santísimo Sacramento que rodea el 12 como símbolo de perfección, los 12 rayos de la custodia.
Con todo ello cerramos la explicación de las funciones de estas cofradías preocupadas por las ánimas que no han terminado de ocupar su puesto en el cielo.